De Gezondheidsenquête begint met een basisvragenlijst. In de basisvragenlijst wordt gevraagd naar achtergrondkenmerken zoals de samenstelling van het huishouden, het hebben van (en/of zoeken naar) betaald werk, beroep, bedrijf en opleidingsniveau. Na de basisvragenlijst volgt de eigenlijke gezondheidsenquête. Daarin wordt gevraagd naar de diverse aspecten van gezondheid, aandoeningen, beperkingen, contacten met zorgverleners, leefstijl en preventief gezondheidsgedrag. Een respondent merkt geen verschil tussen de basisvragenlijst en de gezondheidsvragenlijst. Hij of zij krijgt beide delen als één geheel ter beantwoording voorgelegd.